Bacterien zijn eencellige organismen zonder kern. Hun vorm is comma vormig, staaf vormig, bol vormig, en spiraal vormig. Er bestaan 2 groepen bacterien en wel de gram negatieve en de gram positieve. De overgrote meerderheid van de bacterien die voorkomen bij vissen zijn onschadelijk. Vele bacterien (nitrificerende bacterien) zijn zelfs nuttig en noodzakelijk voor een gezonde vis.

Daarnaast zijn er veel, vaak gram negatieve bacterien, die kwaadaardig kunnen zijn. Gemiddeld kan een bacterie zich elke twintig minuten delen.